通常情况下扁平疣出现的主要原因在于乳头状瘤病毒HPV3和HPV5的感染，中医专家认为扁平疣由于肺经风热熏蒸，蕴阻肌肤而成。它的病原体和寻常疣一样，本病经过慢性，可经1～2年或更久而自行消退。消退前疣基底部常现炎症反应，抓痒加重，但可复发，少数患者还有发生癌变的可能。

由此看来，乳头状瘤病毒HPV3和HPV5是扁平疣的主要病原体，对于这种病毒性皮肤疾病的治疗通常情况下采用外部治疗结果比较明显。